Son aquéllas que arribaron a las islas dispersadas por el viento, las aves o las corrientes oceánicas.
 

La mayor parte de ellas son helechos cuyas pequeñas esporas son fácilmente diseminadas a través de la atmósfera. Estas especies nativas (cerca de 80) son consideradas como estados intermedios en la evolución vegetal, ya que dado un tiempo suficientemente largo, pueden dar origen a nuevas especies endémicas.

Entre las nativas se destacan:

 

1) Pleopeltis macrocarpa


Curioso helecho que crece sobre los troncos o ramas de los árboles. Está constituido por una sola hoja, que en una de sus caras sitúa los grupos de esporangios en forma de círculos de color anaranjado. También se lo encuentra en América, Africa y Asía.
2) Hymenophyllum plicatum


Pequeño helecho que se encuentra en el piso del bosque o en los troncos de los árboles. Es uno de los denominados helechos película, ya que sus hojas poseen una o unas pocas células de espesor. En particular, las hojas de esta especie lucen como arrugadas. Es muy frecuente.
3) Histiopteris incisa


Conocido localmente como palmilla, aunque hay varios otros helechos del archipiélago a los que se les da el mismo nombre. Sus frondas son de un color verde claro, y en la intersección entre el eje principal y las hojas laterales posee una mancha de color violeta, como tinta derramada, lo que permite reconocerlo fácilmente. Se lo encuentra en el poblado, en sitios completamente erosionados (donde asombra por su resistencia a la sequía), y ocasionalmente dentro del bosque.
 
4) Lophosoria quadripinnata

(palmilla)

Es un helecho muy abundante en Chile continental. En las islas se diferencia porque puede crecer como helecho arbóreo. Sus hojas maduras por un lado son verde oscuras, y por el otro, verde claro o con un tono azulino claramente perceptible. No es el más abundante de los helechos, y se lo encuentra ocasionalmente dentro del bosque.
5) Adiantum chilense

 
(Palito negro)

Sus hojas poseen forma de abanico y sus pecíolos son inconfundiblemente negros, de ahí su nombre común. Aparece generalmente dentro del bosque. Presente también en Chile Continental y Argentina.
 
6) Libertia chilensis


Es una planta de la familia Iridaceae que posee unas hermosas flores blancas. Crece sobre todo a orillas de los caminos en zonas de matorral.

7) Blechnum chilense

 
(costilla de vaca)

Un helecho muy común de la zona del bosque austral chileno. En Juan Fernández se encuentra frecuentemente en la zona de bosques.
 
 
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