Son aquellas que no existen en ningún otro lugar del planeta, más que en Juan Fernández. Su número es de 131-133 dependiendo de la fuente de información y constituyen cerca de un 62% con respecto a la flora autóctona (nativa más endémica).
 
La mayor parte de estas especies evolucionó desde semillas o esporas de plantas que llegaron desde lugares distantes, dando origen a formas diferentes a las de sus ancestros. Existen también unos pocos casos en que las plantas endémicas han sido derivadas de antepasados que tuvieron una distribución amplia y que luego se extinguieron en otras partes, sobreviviendo solamente en las islas Juan Fernández. Es el caso de Lactoris fernandeziana (arbusto de la única familia endémica) y de Thyrsopteis elegans (helecho).

Entre estas especies endémicas se destacan:

 

1) Dendroseris litoralis

Conocida como col, pertenece al género que tiene más especies en el archipiélago (11). Es de la familia de las compuestas, y posee grandes flores amarillas que son visitadas por el picaflor endémico en busca de néctar. Crece en Robinson Crusoe en forma de un arbusto o árbol retorcido que puede alcanzar casi 5 m de altura naturalmente. Se lo encuentra en acantilados, morros y en el poblado como árbol ornamental. A partir de una población remanente de tan sólo cinco individuos, se han propagado cerca de 1000 individuos gracias a los programas de conservación y restauración de la flora emprendidos por CÓNAF.

 
2) Rhaphithamnus venustus

(Juan Bueno)

Es un pequeño árbol de hojas de color verde oscuro brillante. Sus ramas jóvenes poseen débiles espinas, que según algunos investigadores, son vestigios de espinas más robustas que las que poseía uno de sus ancestros (Rhaphithamnus spinosus) en el continente, y que fueron perdidas por la ausencia de herbívoros nativos en las islas. Se lo encuentra en la mayoría de los bosques de Robinson Crusoe y Alejandro Selkirk.

 

3) Gunnera peltata

 

(pangue o nalca)

Es una especie característica de los fondos de quebradas, y ocasionalmente en las laderas de los cerros boscosos. Sus hojas pueden medir casi un metro de diámetro, son ásperas y están dotadas de un tallo grueso que puede medir varios metros. No tiene problemas de conservación, y regenera masivamente en sitios afectados por derrumbes.

 

 

4) Chenopodium crusoeanum

Conocida por su nombre Chenopodium, es una especie endémica de Robinson Crusoe, sus últimas poblaciones originales se encuentran en el sector de Vaquería y Morro Juanango. Es una especie que se salvó de la extinción, ya que de los escasos individuos ubicados se obtuvieron semillas y se propagaron hasta convertirlo en una especie abundante especialmente en el poblado. Varios individuos se han plantado en los sitios originales, de modo que es una especie relativamente fuera de peligro de extinción. En el área urbana se le da uso como cerco natural.

 

5) Blechnum cycadifolium

 

(pluma de indio)

Es un helecho abundante, tanto en sitios abiertos y erosionados, como en el interior del bosque. Ocasionalmente, crece como helecho, con aspecto de árbol pequeño. Sus hojas son tiesas y plegadas. Crece en Robinson Crusoe y Alejandro Selkirk.

 
6) Erigeron fernandezianus

(copito blanco)

Es un arbusto que ocurre frecuentemente en sitios abiertos, donde incluso compite con la vegetación introducida. Sus hojas son débiles y están dotadas de lóbulos o pequeños dientes. Lo podrás encontrar en las islas Robinson Crusoe y Alejandro Selkirk, en la primera de ellas, camino a La Plazoleta ó al Mirador de Alejandro Selkirk.

 

7) Ochagavia elegans

 

(ajo dulce)

Pertenece a la familia Bromeliaceae que sólo posee dos representantes en las islas. Sus hojas son espinosas, y sus flores rosadas se originan al centro de las plantas. Los individuos crecen como densos cojines especialmente en las paredes rocosas. Se lo encuentra frecuentemente en los acantilados de los cerros interiores de Robinson Crusoe, así como en los morros (Vinilla, por ejemplo).

 

8) Dendroseris pruinata



Es otro tipo de col, que se diferencia claramente de las otras por sus hojas largas, sin pecíolo, y plegadas en ocasiones como una quilla de barco. Forma una inflorescencia globosa de cerca de 50 cm de diámetro. Puede alcanzar varios metros de altura, y se lo encuentra ocasionalmente colgando de acantilados o pequeños roquerios. Se encuentra también en el poblado de San Juan Bautista.
9) Juania australis

 
(chonta)

Es una de las dos palmas endémicas de Chile. Su tallo es verde liso y brillante, y produce numerosos frutos de color anaranjado. Suele presentarse como individuos aislados o en grupos pequeños en los bosques de Robinson Crusoe, distribuyéndose hasta una gran altitud. Durante mucho tiempo estuvo en peligro de extinción, ya que su madera era utilizada para confeccionar artesanías. Caracterizada por su bajo potencial de germinación, CONAF ha realizado grandes esfuerzos para reintroducir esta especie a su ambiente natural.
10) Pteris berteroana


Helecho que se presenta regularmente en los cursos de agua. Sus frondas son de color verde oscuro y brillante, y produce las esporas en esporangios que se encuentran en el margen de los segmentos, cubiertos por una membrana blanquecina (indusio). Se encuentran en Robinson Crusoe y Alejandro Selkirk.
11) Myrceugenia fernandeziana

 
(Luma)

Es lejos el árbol más abundante de Juan Fernández. Rara vez crece más allá de los 20 m de alto. Sus hojas nuevas son de color rojo, mientras que las antiguas son de color verde oscuro. Se lo encuentra en todos los bosques de la isla Robinson Crusoe.
 
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