Su importancia radica en el hecho de que alberga un gran número de especies exclusivas, número que dependiendo del autor oscila entre 131 y 133, pero que podría ascender a 140 o más, una vez que se publiquen las descripciones de algunas especies aparentemente nuevas que recientemente se han descubierto.
 
Estas especies exclusivas que se conocen bajo el nombre de endémicas están repartidas en sólo 100 km2 del archipiélago, lo que hace más notable aún su concentración. También debe destacarse que existen agrupaciones taxonómicas, conocidas como géneros, que también son endémicos (doce). Y por último, como si esto fuera poco, existe una familia completamente restringida a la isla Robinson Crusoe (Lactoridaceae), siendo considerada actualmente como el único caso de familia confinada a un archipiélago oceánico.

Si bien existen otras islas en el mundo que tienen mayor número de especies exclusivas, Juan Fernández está muy cerca de ser un récord en cuanto a la fracción de su flora autóctona que está bajo la categoría de endémica (cerca de 62%). Esto quiere decir que al momento del descubrimiento del archipiélago, seis de cada diez especies de plantas que observaron los descubridores no se encontraban en ningún otro lugar del planeta.

 

La situación ha cambiado ostensiblemente desde ese entonces. Hoy en día, la mayor parte de la flora de estas islas ha sido introducida voluntaria o accidentalmente por el hombre, número que alcanza a 212 según la última lista publicada. Este número es mucho mayor si consideramos a las plantas de jardín que aún no se encuentran asilvestradas. En cambio, son 211 las especies que comprende la flora autóctona, es decir, la endémica más la nativa (esta última presente también en el continente pero que llegó naturalmente al archipiélago).

 

Entre las particularidades de su flora, pueden mencionarse las plantas arborescentes de la familia de las compuestas, las que en otros lugares son en su mayoría arbustivas o herbáceas; la presencia de helechos trepadores, característica inusual en este grupo de plantas; y también la existencia de varios helechos arbóreos, forma de crecimiento ausente en Chile continental, pero presente en ambientes tropicales.

 
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