El poblado de San Juan Bautista fue fundado por los españoles en 1750, en honor al santo que lleva ese mismo nombre. Es el único poblado estable y permanente del archipiélago.
Actualmente, el registro de residentes del Archipiélago Juan Fernández está compuesto por 700 personas que viven la mayor parte del tiempo en la Isla de Robinson Crusoe, específicamente, en el poblado San Juan Bautista.
Pero este número de habitantes va cambiando durante el año. Entre octubre y mayo, meses en que se realiza la pesca de langosta, una parte de los habitantes se radica en la Isla Alejandro Selkirk, lugar donde se extrae el crustáceo.
De marzo a diciembre, la gran mayoría de los jóvenes isleños se trasladan al continente para continuar sus estudios. Y en los meses de verano la población de la isla Robinson Crusoe se incrementa con la llegada de turistas y el arribo de quienes se mantuvieron durante el invierno alejados del archipiélago.
Grupo etario entre:
0 y 14 años 129
15 y 29 años 194
30 a 44 años 248
45 a 64 años 251
65 años y más 63
De los cuales podemos desglosar de la siguiente manera:
Hombres 543
Mujeres 342
La comuna de Juan Fernández se crea en el año 1979, por Decreto Ley N° 2868 de fecha 21 de Septiembre. Pertenece a la Provincia de Valparaíso, Quinta Región. Su territorio comprende todo el Archipiélago (Isla Robinson Crusoe, Santa Clara y Alejandro Selkirk). En el año 1980, por Decreto con Fuerza de Ley N° 1/2867 de fecha 5 de junio, se instaura la Ilustre Municipalidad de Juan Fernández.
La comuna posee una población estimada de 885 habitantes, los cuales residen en el Poblado San Juan Bautista en Robinson Crusoe y Las Casas en Isla Alejandro Selkirk, del Archipiélago.
El archipiélago Juan Fernández fue declarado Parque Nacional en 1935 y se compone de 9570.55 hectáreas , de las cuales 396.4 hectáreas de Robinson Crusoe están desafectadas para zona urbana.
A partir del año 2013 comenzó a regir el Actual Plan Regulador Comunal, el cual producto del tsunami del 2010 ocurrido en la comuna, delimitó las zonas de construcción en la parte baja del poblado.
Pertenece al Distrito electoral N° 13, de la Circunscripción Valparaíso Costa.
La Ilustre Municipalidad de Juan Fernández, es dirigida por el Alcalde Pablo Manríquez Angulo, y los siguientes concejales:
Jaritza Rivadeneira Muena
Héctor Melo Paredes
Andrés Salas Burgos
Pedro Calderón Soto
Ernesto Paredes Ávalos
Elizabeth Celedón de Rodt
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