Las precipitaciones son de carácter frontal en invierno y convectivas en verano. Esto quiere decir que en verano puede llover cada tres días por acumulación de humedad.
La precipitación anual es de 1.041,5 mm y su distribución se concentra entre los meses de abril y octubre alcanzando un 75,8 % del total. El valor máximo mensual corresponde a junio con 173 mm y el mínimo a enero con 28 mm.

La temperatura media anual es de 15 °C. Las temperaturas en verano alcanzan como promedio a 18,7 °C y en invierno a 7,3°C. Los valores extremos observados en Juan Fernández son del orden de los 25 °C para el mes de Febrero y de los 3°C para el mes de Agosto. Se desconocen valores inferiores a 0° C. En la Isla Alejandro Selkirk nieva en el Cerro Los Inocentes de vez en cuando.

La humedad relativa en verano es de 73% y de 79% en invierno. La poca variación se debe al aporte de humedad del mar.

La dirección predominante de los vientos en verano es de componente sur con intensidades promedios de 10 km/h, predominando el viento calmo en las primeras horas de la mañana. En invierno, la situación es muy similar, con aumento en su intensidad hasta los 16 km/h como promedio.